Le Conseil d’Administration de la Fédération est constitué de 15 membres élus pour 5 ans parmi les adhérents des Associations Agréées pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique (AAPPMA).

Ils définissent la politique générale à mettre en place et représentent la Fédération dans les réunions et instances auxquelles ils participent (FNPF, union régionale URGE, SDAGE, SAGE, etc.).